Phylum Chytridiomycota: son los únicos pertenecientes al reino de los hongos que producen células móviles en su ciclo de vida. Una buena parte de ellos son parasitos de plantas y animales, asi como de insectos, algunos también parasitan hongos. Los hongos de este phylum se encuentran en la tierra y en el agua.
Phylum Zygomycota: Hongos caracterizados por un micelio aseptado, cenocítico, con septos
en la base de las estructuras reproductoras. Son hongos terrestres, casi todos son saprobios y se alimentan de plantas o de materia animal muerta. Especies de estos hongos viven parasitando plantas, pequeños animales e insectos. En su reproducción encontramos la aparicion del asco.
Phylum Ascomycota: Los Hongos integrantes de este phylum presentan en su ciclo de vida una célula fértil, llamada célula ascógena, llamada asco que producirá las ascosporas. Estos hongos se encuentran en diferentes hábitat, presentando variadas forma de nutrición, ya sea saprobios, parásitos o simbiontes.
Phylum Basidiomycota: Los Basidiomycetes son los Hongos que presentan una célula fértil en su ciclo de vida, llamada basidio, que produce exógenamente 4 basidiosporas. Este grupo de Hongos constituyen el grupo de hongos importante para el hombre, en este grupo se incluyen los comestibles llamados comunmente Setas. Entre estas setas se impone aclarar que algunas son terriblemente venenosas o tóxicas , otras suelen usarse en algunos culturas como alucinógenos destacándose su utilización en el campo de la medicina y la industria farmacéutica.
Un grupo que no podemos dejar de mencionar son los deuteromicetes u hongos imperfectos Fungi Imperfecti, estos hongos presentan una reprodución sexual practicamente desconocida por lo que se suelen ubicar dentro del
phylum Ascomycota.
Algunos de estos hongos imperfectos son parásitos de animales y plantas, provocadores de enfermedades a seres humanos. Otros, sin embargo, pueden ser tan beneficioso para el hombre como el conocido caso del Penicillium, hongo del cual se obtuvo el antiibiótico más importante en la historia de la humanidad, La Penicilina, gracias a ella se salvo a la población mundial de pestes y enfermedades tan epidémicas como la sífilis, la tuberculosis, entre otras, atacando agentes patógenos como el gonococo que produce la gonorrea y a bacterias causantes de la meningitis o septicemia.
Penicillium notatum fue el hongo que sirvio de base al bacteriólogo británico Alexander Flemming para obtener la penicilina descubriéndola en 1928 de manera realmente curiosa.